突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。你是谁？你为什么活着？你在怕什么？你想要什么？关于生命价值nbsp;真嗣操作EVA因为他想得到大家的称赞认同，丽操作EVA因为这是她的使命，明日香操作EVA因为她渴望独立渴望被人关注失去了EVA，他们便也失去了自己的生活。没有人会再这样关心他们，那些他们熟悉的朋友们不会再对他们露出赞叹的笑容。nbsp;为了得到人们的关注认可，他们不得不将自己的生命作为赌注，一次次在与使徒的搏斗中一点点积累自己所追求的东西，却一步步迈向更深的迷惘。nbsp;三个主角都被设计成有着扭曲的童年经历的孩子，就如建介曾戏言：“EVA驾驶员都是奇怪的人”。真嗣幼年亲眼看着妈妈消失在EVA初号机中，而后却又被爸爸遗弃；明日香从小被精神崩溃的母亲忽略，眼睁睁地看着妈妈对着一个洋娃娃喊自己的名字，进而发现母亲撕碎了作为自己替身的娃娃后自杀；丽的童年一片空白，她三番四次死而复生，拥有着不灭的灵魂和无穷的肉身。nbsp;导演似乎很注重童年决定论，有着悲惨童年的三个人到了少年时期依然无法脱离出那片阴影。不管是真嗣的顺从逃避，丽的空洞漠然，还是明日香的张扬跋扈这些都只不过是与内心或相同或相反的外在表现，他们的心灵都是同样的慌乱